تهدف الكلية إمداد المجتمع المحلي والإقليمي بصيادلة ذوي كفاءة عالية ومهارات مهنية متميزة وقيم أخلاقية تسهم في تطوير الصناعات الدوائية وتحقيق جودة الدواء وتحسين الخدمات الصحية بالمجتمع وذلك عن طريق تطوير وتحديث البرامج الأكاديمية وطرق التعليم والتعلم وتطبيق وتطوير التعليم الصيدلاني المستمر، والارتقاء بالبحث العلمي، وتحقيق التعاون العلمي بين الكلية ومختلف المؤسسات الدوائية والعلمية والبحثية وكليات الصيدلة داخل وخارج الجمهورية العربية السورية بهدف تطوير البحث العلمي والدراسات العليا.