تأسس فرع العلوم الأساسية في العام الدراسي 1984-1985 وهو يعد أحد أهم الأقسام العلمية في كلية طب الأسنان، حيث وضعت رئاسة القسم إستراتيجية تهدف إلى تقديم مادة معرفية متميزة ذات جودة عالية في مجال العلوم المرتبطة بطب الأسنان، معتنية بمنهج البحث العلمي الأساسي ومصادره، لِيُمكِّن الطالب بذلك من اكتساب المعارف والمهارات العلمية والتطبيقية اللازمة التي تنعكس بصورة إيجابية وفاعلة على خدمة المجتمع عبر قنوات المؤسسات الصحية والبحثية والاستشارات والدراسات العليا. كما ويقدم الفرع أيضاً مساهمة فاعلة في الأبحاث التخصصية فضلاً عن التدريسات في الدراسات الأولية والعليا.