يتطلع فرع الاحياء المجهرية ان يكون مصدراً علمياً وبحثياً كالعلوم الاخرى في كلية الطب البيطري يعني اعطاء المعلومات والمعرفة الكافية لعلوم الاحياءالمجهرية من جراثيم مرضية فايروسات , فطريات , وعلم المناعة تعمل وتضمن لرفع مستوى طلبة الدراسات الاولية والعليا لتشخيص المسببات المرضية التي تفتك بالثروة الحيوانية والسيطرة عليها.